Luigi faleceu aos 66 anos de tuberculose, doença que já havia vitimado uma de suas irmãs e que era conhecida na época como “mal do século”. A missa em sua homenagem aconteceu no mosteiro de São Bento, que foi tomado pelas alunas, amigos e admiradores, com a presença de orquestras, cantos litúrgicos e organistas. Ao término, as alunas foram em romaria ao seu túmulo depositar flores, no Cemitério da Consolação, quando discursou o dr. Reynaldo Porchat, diretor da Faculdade de Direito da USP, enaltecendo “ a erudição perfeita, sem jactância: o talento primoroso, sem vaidades; a exigência presente no ensino de Chiaffarelli”. E continuou assim: “mas era sempre afável, comunicativo e cortês...Recebia com a mesma generosidade a todos os artistas que revelavam mérito, descobrindo e cultivando o talento de meninas de condição modesta; várias instituições de caridade lhe pediram ajuda e Chiaffarelli as atendia, organizando apresentações de suas alunas”. Terminou afirmando que “as brilhantes alunas hão de manter, religiosamente, a fama da ‘Escola Chiaffarelli’, a qual foi, incontestavelmente, o maior e o mais eficaz fator do progresso da música entre nós”.

Após sua morte, houve vários concursos e concertos prestando-lhe homenagem. No seu centenário, no intervalo do concerto realizado no Teatro Municipal de São Paulo – do qual participaram alguns de seus alunos mais destacados, executando obras para três pianos e orquestra –, foi inaugurado um busto de Chiaffarelli no saguão do teatro, escultura esta que havia sido ofertada pelos seus alunos quando o maestro completara 60 anos.

Com sua pedagogia instrumental e teórica pioneira, desenvolvendo conceitos como o de que, para se ter uma boa técnica, é necessário o aprendizado de estética e estilos musicais, Chiaffarelli influenciou todo o ensino de música que lhe sucedeu, além de transformar o ambiente musical paulista, dando profundidade ao estudo de piano que antes pertencia apenas a uma elite aristocrática reunida em volta da Corte. Quando faleceu seu genro Agostino Cantù, houve a doação da biblioteca da rua Padre João Manuel para o Conservatório Dramático e Musical de São Paulo, entidade de cuja fundação Chiaffarelli participou, em 1906, e onde lecionou. O seu órgão foi doado ao Santuário São Judas Tadeu, no Jabaquara. Há uma Rua Maestro Chiaffarelli no Jardim Paulista, no centro expandido da cidade de São Paulo.